La structure fédérative est gérée par un directeur qui est élu par le comité de pilotage. Cette élection sera proposée au Conseil Scientifique et confirmée le Conseil d'Administration de l'Université de La Réunion.

Le directeur sera assisté d'un comité de pilotage (COPIL) composé des directeurs des équipes L-SHS fédérées, du Vice-Président du Conseil Scientifique et de trois personnes extérieures à l'Université de La Réunion choisies pour leur intérêt et expertise sur les thématiques développées.

Un secrétariat est chargé d'administrer la structure, d'animer le site web spécifiquement créé pour rendre public les travaux pluridisciplinaires de l'OSOI, de valoriser l'expertise réunionnaise et de gérer l'observatoire et la mise en ligne de ses travaux.